Эпидемиолого-диагностическое мышление представляет собой последовательность логических обоснований и анализ полученных данных, которые обеспечивают выработку, проверку и доказательство гипотез, объясняющих условия и механизм развития эпидемического процесса при конкретной нозологической форме инфекционной болезни.

Это наиболее важная и в то же время, как правило, наиболее сложная задача популяционных исследований. При повышении частоты возникновения заболевания среди определенных групп населения, можно предположить, что существуют значимые причины и условия окружающей среды или действуют индивидуальные факторы, стимулирующие рост заболеваемости. Данную гипотезу можно проверить в ходе предстоящих исследований, которые будут проводиться с целью определения степени стойкости выявленной зависимости и пропорциональности увеличения частоты регистрации заболеваний степени воздействия изучаемого фактора.

Эпидемиолого-диагностическое мышление базируется на: а) общей и специальной профессиональной подготовке эпидемиолога; б) исходных сведениях по конкретной инфекционной болезни, содержащихся в инструктивно-методических документах Министерства Здравоохранения Республики Беларусь; в) новых научных данных по конкретной инфекционной
болезни.

Формулирование гипотез о причинах и условиях развития эпидемического процесса базируется на двух взаимосвязанных подходах: 1) выявляют проявления эпидемического процесса, вырабатывают гипотезу их объясняющую и сверяют ее с научными данными; 2) на основе научных данных формулируют гипотезу, объясняющую проявления эпидемического процесса, сверяют ее с конкретными (фактическими) проявлениями эпидемического процесса.

В ряде случаев сформулированную гипотезу можно подтвердить результатами контролируемого эксперимента, в котором предпринимается попытка повлиять на частоту возникновения заболевания путем уменьшения степени воздействия предполагаемого причинного фактора. Установить причинно-следственные связи между предполагаемым фактором и заболеваемостью можно с помощью приемов формальной логики.

1. Метод сходства — две группы сходны по одному признаку, т.е. заболеваемость связывают с фактором, общим для двух групп населения (общий источник питания вспышка дизентерии Зонне в обеих группах).
2. Метод различий — все одинаково, но один признак отличается. Различие в количестве заболеваний в двух группах связывают с действием определенного причинного фактора в одной группе и отсутствием такого влияния в другой группе (вспышка дизентерии Флекснера в одной группе -водоснабжение из поверхностного водоисточника — реки; во второй группе заболеваний нет, водоснабжение — колодец).
3. Метод сходства и различий — поочередное использование то первого то второго подхода.
4. Метод сопутствующих изменений — предполагают, что причиной к заболеваемости является фактор, частота и сила воздействия которого изменяются параллельно с изменением заболеваемости (чем выше процент нестандартных проб воды, тем выше заболеваемость кишечными инфекциями).
5. Метод остатков — из нескольких предполагаемых причин последовательно исключают одну за другой и по остаточному уровню заболеваемости судят о степени влияния на ее формирование каждой из них. Например, на заболеваемость дизентерией Зонне могут влиять: 1) качество молочной продукции; 2) уровень гигиенических навыков населения; 3) качество гигиенического и противоэпидемического режима в детских дошкольных учреждениях.
6. Метод согласования — предположение, что тот или иной фактор является причинным, должно согласовываться с научными и практическими данными. К примеру, в период формирования новых коллективов повышается заболеваемость стрептококковой инфекцией.
7. Метод аналогий — предполагают, что причиной заболеваемости является фактор, который формировал ее ранее в аналогичных условиях. Например, в ряде регионов на формирование заболеваемости вирусным гепатитом А влияет качество питьевой воды.